Stormen träffade kuststaden Casiguran, cirka 20 mil nordost om huvudstaden Manila, sent på lördagskvällen svensk tid, med vindar på upp till 58 meter i sekunden, rapporterade den statliga vädertjänsten.
Enligt lokala radiostationer har träd och elstolpar fallit i provinsen Aurora där Casiguran ligger, liksom i grannprovinsen Isabela. Stora områden är strömlösa.
Flera vägar har stängts av efter jordskred och översvämningar efter ihärdigt regnande.
Sex miljoner drabbas
Omkring sex miljoner människor beräknas drabbas av tropiska stormen. President Aquino uppmanade allmänheten att följa regeringens varningar och vara reda på att bli evakuerade. Han sade även att hjälporganisationer redan försett evakueringscenter med proviant. Tiotusen människor har blivit evakuerade från sina hem.
Även om ovädret inte väntas drabba Manila direkt så har myndigheterna varnat för att även de södra regionerna kan påverkas av kraftiga vindar och regn.
Tusentals människor har beordrats lämna låglänta kustområden, flyg har ställts in och fartyg och fiskebåtar i nästan halva landet har uppmanats att stanna i hamn.
Vädertjänsten har varnat för vågor på upp till 14 meter och mellan 300 och 600 millimeter regn.
Rör sig långsamt
Den tropiska stormen rör sig mycket långsamt, stormens öga har en hastighet på 3 km/h. Därför tror de filippinska myndigheterna att stormen kan komma att gör mer skada. Kuppo, som den tropiska stormen kallas, rör sig vidare på tisdag då den drabbar Taiwan.