Fem spanska poliser och ett 50-tal ur den marockanska styrkan skadades. En av dem förlorade ett öga, enligt spanska myndigheter.
Bara två migranter släpptes in i Ceuta, för att få vård på sjukhus, De andra återbördades till Marocko, enligt uttalandet.
Ceuta, och den andra spanska enklaven i Marocko, Melilla, utsätts ofta för stormningar av migranter som vill söka asyl i Spanien. I början av december lyckades 400 personer tvinga sig igenom två gränsövergångar i det sex meter höga staket som omger Ceuta.