Mer än 1 800 kandidater slåss om 139 platser, i landets deputeradekammare och två tredjedelar av senaten. Det låga valdeltagandet förklaras delvis av utbredd förvirring om var människor är registrerade och därmed har rätt att rösta.
Haiti är Amerikas fattigaste land, präglat av våld och politisk turbulens. Jordbävningskatastrofen 2010 förvärrade situationen ytterligare och planerade val 2011 och 2014 ställdes in.
Sedan januari i år har de 119 platserna i deputeradekammaren och 20 av de 30 platserna i senaten stått tomma och president Michel Martelly har styrt med hjälp av dekret.
– Trovärdiga, inkluderande, transparenta och rättvisa val är nyckeln till långsiktig stabilitet i Haiti, säger FN:s representant Sandra Honoré.
Valrörelsen har ackompanjerats av våld och Haitis nationella nätverk för skydd av mänskliga rättigheter (RNDDH) har rapporterat om fem mord som kopplas till valet. Under valdagen har den nationella polisen 7 000 av sina 11 900 anställda i tjänst.
Preliminära resultat väntas först om 6-10 dagar.