Angreppen har varit en hämnd på attacker utförda av kristna miliser, uppger Amnesty International i en rapport.
FN har tidigare angivit antalet döda till cirka 450 i Bangui och 150 på andra håll i landet.
USA-baserade rättighetsgruppen Human Rights Watch (HRW) har i en annan rapport varnat för att våldsamheterna kan urarta i en spiral av hämndattacker utom kontroll.
”FN:s säkerhetsråd måste agera snabbt för att få stopp på den här pågående katastrofen”, heter det i HRW-rapporten om mord och brutalitet från båda sidor i konflikten.
Hämnd på kristna
Enligt Amnesty var det ”de facto-regeringsstyrkor, kända som ex-Seleka, som hämnades i stor skala på kristna”.
Soldaterna ”dödade nära 1000 män under en period på två dagar och plundrade civilpersoners hem systematiskt. Ett litet antal kvinnor och barn dödades också”.
Amnestyrapporten bygger på uppgifter som personer samlat in under två veckor i Centralafrikanska republiken (CAR), där det rått kaos sedan i mars när Seleka tog makten och störtade den förra regeringen.
Landet, med kring 4,5 miljoner invånare, har sedan självständigheten från Frankrike 1960 varit mycket instabilt och haft flera kupper och militära revolter.
Kuppledare avsatt
För sju år sedan tog dåvarande arméchefen François Bozizé makten genom en kupp. Han installerade en övergångsregering och valdes till president 2005.
I fjol inledde den huvudsakligen muslimska rebellalliansen Seleka en offensiv mot Bozizé. Han avsattes i våras efter att rebellerna intagit Bangui.
Bozizé ersattes av muslimske Michel Djotodia. Han förklarade Seleka upplöst, men stora delar av gruppen har fortsatt att terrorisera civilbefolkningen.
Som svar på Seleka har den kristna milisgruppen anti-Balaka bildats.