Attacken inleddes på fredagsmorgonen i staden Bosso nära gränsen till Nigeria.
– Vi kan höra ljudet av vapen överallt i staden, ofta mycket nära våra fönster. Det är ljud av tunga vapen och lättare vapen som får våra hus att skaka, sade en stadsbo till AFP.
De säkerhetsstyrkor som Niger har förlagda i Bosso drev bort islamisterna under förmiddagen, sade Yacouba Soumana Gaoh, guvernör i regionhuvudstaden Diffa.
Nigers styrkor är tillsammans med styrkor från Tchad förlagda i Bosso sedan i måndags, Kommande vecka väntas Nigers parlament ta ställning till ett förslag om att sända soldater till Nigeria i syfte att bekämpa jihadisterna i regionen