Ett stort antal poliser, ambulanser och militär fanns på plats när attentatsmannen omringades.
Gripandet föregicks av skottlossning. Mannen är förd till sjukhus med allvarliga skador.
Gripandet kunde ske natten till lördagen, svensk tid, efter att polisen fått tips om blod som setts i närheten där 19-åringen höll sig gömd i Bostonförorten Watertown.
Hela dagen hade 9.000 poliser sökt efter terroristen men utan resultat trots att tjugo gator finkammades.
Men sedan kom ett tips från ett vittne som hade upptäckt blod på en båt som stod uppställd på baksidan av ett hus.
En timmes skottlossning
Efter en dryg timme av skottlossning greps 19-åringen. Han vårdas nu på sjukhus med allvarliga skador.
– Det utbröt skottlossning och jag vet inte om han träffades, sade Ed Davis.
Enligt Bostonpolisen blev Dzjochar Tsarnajev skadad redan i samband med skottlossningen då hans bror dödades.
– Vi vet att han inte tog sig direkt till båten, förklarade polischefen Ed Davis på presskonferensen efter gripandet.
Mannen hade gömt sig i aktern på en mindre båt som låg bakom en trädgård i Watertown. En familj om tio personer som bodde i ett hus på tomten evakuerades. En polishelikopter med värmekamera hade fångat upp signaler från den misstänkte i båten.
Jubel
När nyheten om gripandet spreds bröt jubel ut på gatorna i Boston.
– Jag är glad att min familj kan sova utan oro för en galen terrorrist. Polisen har gjort ett fantastiskt jobb, sade en boende i området.
Nästan ett dygn tidigare hade 19-åringens bror dödats efter skottlossning med polisen.
De två bröderna är misstänkta för att ligga bakom måndagens attack vid Boston Marathon där tre personer dödades och 176 personer skadades.
– Vad fick unga män som växte upp och studerade i vårt land att ta till våld av det här slaget? Offrens familjer förtjänar svar, sade president Barack Obama i ett uttalande.
Hörd av FBI
Redan 2011 hördes den äldre av de två bröderna Tsarnajev, den 26-årige Tamerlan, av FBI, på begäran av en utländsk regering, okänt vilken, uppger en poliskälla för nyhetsbyrån Reuters.
Samtalen ledde inte vidare och ärendet ”lades på hög”, enligt källan som begärt att få vara anonym.
Uppgiften är den första indikationen på att amerikanska säkerhetsmyndigheter hade kännedom om bröderna Tsarnajev.
Obama tackade Putin
President Barack Obama hade tidigare på kvällen via telefon tackat president Vladimir Putin för det ryska samarbetet mot terrorismen, inklusive bombattentatet i Boston, och lovar fortsätta samarbeta.
President Barack Obama hyllade också Bostonpolisens insatser i jakten på attentatsmännen.
– Polisen har agerat mycket professionellt, sade presidenten under en presskonferens i Vita Huset.
Obama sade också att det fortfarande finns många obesvarade frågor, bland annat om de två männens motiv.
– Offren för attacken behöver få svar, sade presidenten.