Camerons kommentar, i ett samtal med New Yorks tidigare borgmästare Michael Bloomberg, fångades upp av ett tv-team i tisdags, när Cameron besökte staden för att närvara i FN:s generalförsamling.
Drottningen själv, som aldrig yppar politiska åsikter offentligt, har avstått från att uttrycka en åsikt i självständighetsdebatten och bara signalerat att hon hoppas att landet kan enas efter förra veckans omröstning.
Cameron erkänner för Sky News att han är besvärad över sitt klavertramp:
– Det var ett privat samtal, men helt klart ett samtal jag inte borde ha haft och inte kommer att ha igen.