I synnerhet huvudstaden Manila har drabbats av översvämningarna, på huvudön Luzon höll de flesta skolorna stängt för en andra dag på lördagen.
Många evakuerade som försökte återvända fann sina bostäder täckta av lera.
– Vissa av våra saker är begravda i lera, det kommer att ta ett tag att rensa upp, säger en invånare i Marikina City, en förstad till Manila.
Fung-Wong, som för med sig kraftiga skyfall, väntas nå Taiwan på måndag.