Det uppger FN-organet Ocha.
Alltfler beskriver situationen som etnisk rensning utförd av regeringstrupper. Bland andra nyhetsbyrån AFP rapporterar om en händelse i huvudstaden Juba. Två vittnen berättar hur de tillsammans med runt 250 andra män fördes till en polisstation där man började skjuta på dem.
Bara tolv män överlevde massakern. De två vittnena var sårade men kunde ta sig till FN-basen för att få skydd. De flesta av de dödade männen tillhörde folkgruppen nuer, samma etniska grupp som den tidigare vicepresidenten Riek Machar.
Vittnesmålen har inte kunnat bekräftas av oberoende källor.
Anklagad för kuppplaner
Striderna i Sydsudan har kraftigt trappats efter maktkampen mellan Riek Machar och den sittande presidenten Salva Kiir, som tillhör den andra stora etniska gruppen dinka.
Presidenten avskedade Riek Machar i juli och anklagar honom för att planera en kupp för att ta makten.
Machar förnekar att han försöker ta makten i landet medan regeringen hävdar att den inte ligger bakom någon etnisk rensning.
Fullskalig konflikt
Många bedömare befarar dock att maktkampen mellan Machar och Kiir kommer att leda till en fullskalig konflikt mellan dinka och nuer, rapporterar brittiska BBC.
Striderna mellan soldater lojala mot president Salva Kiir och dem som stödjer Riek Machar har enligt FN krävt minst 1.000 dödsoffer och hundratusentals människor är på flykt.
Till saken hör att även rebellsoldater anklagas för grymheter i områden som de kontrollerar.
FN-chefen vill skicka fler soldater
Förenta Nationernas generalsekreterare Ban Ki Moon föreslår att den fredsbevarande styrkan i Sydsudan utökas från 7.000 till 12.500 man. Han vill även skicka ytterligare 423 poliser tilll landet som skakats av våldsamma strider den senaste veckan.
FN:s generalförsamling diskuterade läget i Sydsudan vid ett extrainkallat möte på måndagen och gensvaret bland medlemsländerna var positivt, enligt rådets sittande ordförande, den franske FN-ambassadören Gerard Araud.
Säkerhetsrådet väntas rösta om förslaget på tisdagskvällen svensk tid.
Skyldiga ska hållas ansvariga
FN-chefen sade också att världen håller ögonen på alla parter i konflikten och lovade att rapporter om grova brott mot mänskliga rättigheter kommer att utredas.
– Skyldiga på hög nivå kommer personligen att hållas ansvariga även om de hävdar att de inte kände till angreppen, sade Ban Ki-Moon.
Söker skydd hos FN
På många håll söker civila trygghet på FN-anläggningar, vilket i sig blir ett problem när dessa inte kan husera alla människor. I huvudstaden Juba finns det nu minst 20.000 vanliga sydsudaneser på två FN-baser och i Bor nästan lika många.
– I Bor är läget pressat för de 17. 000 som sökt skydd på basen, bristen på mat och husrum är akut, heter det i Ochas rapport.