Omkring 200 poliser och 14 utredningsdomare deltog i tillslagen.
Banken, landets största, räddades av 4,9 miljarder statliga euro (motsvarande 45,4 miljarder kronor).
Krisen för BES hänger samman med djupa finansiella problem för familjen Espirito Santo, som grundade banken för över 100 år sedan. Ingen från familjen har ännu kommenterat husrannsakningarna