Den ryske soldaten sköt den obeväpnade officeren med två skott, sa Vladislav Seleznyov, talesperson för den Ukrainska flottan.
Officeren höll på att packa sina tillhörigheter i den sovsal där han bodde när bråk uppstod och han sköts med en AK-74, enligt försvarsdepartementets talesperson.
Enligt ryska rapporter ska en grupp ukrainska soldater, på väg från krogen, ha passerat ryska militärer som vaktade den militärbas där ukrainarna tidigare arbetat. Bråk uppstod mellan grupperna och slutade med att den ukrainske sjöofficeren sköts till döds, enligt nyhetsbyrån AP.
Den ryske presidenten Vladimir Putin har tidigare prisat det till största delen oblodiga ryska övertagandet av Krim efter folkomröstningen förra månaden. Gårdagens händelse riskerar därför att ytterligare öka spänningarna mellan Ukraina och Ryssland.