Datajätten vägrar, med motiveringen att uppgifterna är lagrade i företagets datacentral i Irland och därmed inte omfattas av amerikansk lag.
Den rättsliga tvisten, som inleddes i december och redan har passerat genom flera instanser, är av stor principiell betydelse, skriver Washington Post.
Microsoft fruktar att förlora utländska kunder om dessa befarar att de är inom räckhåll för amerikanska myndigheter.
Även andra amerikanska bolag på den växande marknaden för molntjänster följer den juridiska striden med stort intresse. Branschen har tagit stryk av avslöjanden i spåren av Edward Snowden-affären och är rädd om sitt anseende.
Snowdens avslöjanden gör det viktigt att visa människor att vi slåss, säger en Microsoftkälla till tidningen.