Mubarak fördes in i rättssalen i rullstol. Han bar solglasögon och var klädd i vitt.
– Folket vill att mördaren avrättas! skanderade advokater som företräder anhöriga till offren.
Mubaraks båda söner Alaa och Gamal som stod i förhörsbåset verkade oberörda. De är också åtalade.
Dömdes i juni i fjol
Den tidigare domen mot Mubarak revs upp i början av året. En ny rättegång inleddes i april men avbröts genast när domaren drog sig ur. Många egyptier har inte trott att någon ny rättegång skulle bli av.
Mubarak dömdes i juni förra året till livstids fängelse för att inte ha hindrat våldet, som krävde cirka 850 människors död. Den gången friades hans inrikesminister Habib al-Adly och sex polischefer i brist på bevis. Domarna har överklagats och samtliga ställs nu inför rätta på nytt.