Tisdagens beslut bygger på en kompromiss från i december mellan medlemsstaterna och EU-parlamentets förhandlare och röstades formellt igenom med 480 parlamentsröster mot 159.
De nya reglerna ger varje medlemsstat utökad rätt att stoppa en GMO-gröda, även om den godkänts centralt på EU-nivå.
”En stoppsignal för innovation i Europa”, tycker branschorganisationen Europa Bio i ett besviket uttalande, samtidigt som miljörörelsen befarar att reglerna ska öppna upp för fler tillstånd.
Majoriteten i EU-parlamentet var ändå nöjd med att till sist ha nått ett beslut efter många års fastlåst läge.
– Kompromissen är för mig beklaglig – men den enda möjliga. Jag har aldrig kunnat försvara det sättet som GMO-tekniken används för i dag. Den är enbart till nytta för vinsterna i de mycket stora företagen. Men glöm aldrig att en teknik i sig aldrig är ond eller god – det beror på vem som gör vad, sade svenska parlamentsledamoten Marit Paulsen (FP) i den föregående debatten.
– Vi ska utgå ifrån försiktighetsprincipen. Det är viktigt att inte hasta fram i svåra frågor eller tillåta sådant som kan få negativa effekter för människors hälsa och miljön, sade i sin tur kollegan Jytte Guteland (S).