I den årliga direktsända frågestunden i rysk tv sade han att Ryssland aldrig hade för avsikt att annektera Krim och att händelseutvecklingen på halvön var spontan.
Putin sade att militären var där för att stödja de lokala försvarsstyrkorna.
Han hoppas att det ska gå att finna en diplomatisk lösning på situationen i Ukraina, och sade att påståendena om att det skulle finna ryska specialstyrkor i östra Ukraina är nonsens.
Den enda vägen till ordning i landet är genom dialog och inte genom användandet av soldater och stridsvagnar, sade han enligt Reuters.
Hoppas slippa ta till våld
Putin ansåg också att den sittande regeringen i Ukraina inte är legitim, men att Moskva inte vägrar kontakt med någon. Han ansåg att de rådande omständigheterna i den ukrainska presidentvalskampanjen är oacceptabla och att Ryssland inte kan erkänna valets legitimitet om det fortsätter, skriver Interfax.
Putin sade att Ryssland vill ha garantier för att de rysktalande i östra Ukrainas skyddas och att deras rättigheter tillvaratas. Han tillade att han hoppas Ryssland inte ska behöva ta till våld i Ukraina, men att Ryssland kommer att göra allt för att hjälpa befolkningen i östra Ukraina.
Förtroendet i relationen mellan USA och Ryssland har till en hög grad skadats, sade Putin enligt Reuters. För att återuppbygga det krävs att USA respekterar andras intressen och internationella bestämmelser, fortsatte han.
Snowden frågade om avlyssning
Ryssland är intresserat av att återskapa förtroendet till Washington och kommer att göra allt som står i dess makt att göra detta.
Putin menade också att Ryssland inte vill sabotera relationerna till EU och hoppas att EU delar den inställningen.
Visselblåsaren Edward Snowden frågade via en videolänk Putin om omfånget av avlyssningen i Ryssland.
Putin svarade att den typ av massavlyssning av befolkningen som Snowden avslöjat att USA ägnar sig åt, var omöjlig i Ryssland eftersom underrättelsetjänsten står under hård kontroll, skriver AFP.
Snowden befinner sig i asyl i Ryssland.