Rebeller lojala med den förre vicepresidenten Riek Machar kontrollerar flera oljekällor i delstaten Unity, där oljeproduktionen tidigare i veckan stängdes av på grund av strider.
– Vi fruktar att de kan orsaka skador på anläggningarna och miljön, sade oljeminister Stephen Dhieu Dau.
Striderna fortsatte i staden Malakal i det oljerika norra Sydsudan. Några få timmar har Röda Korsets kirurgteam kunnat arbeta.
Farligt gå ut
– Det har varit för farligt att gå ut. Striderna har varit intensiva. Samtidigt är befolkningen i Malakal i stort behov av läkarvård. Det handlar om flera hundra som behöver akut vård, säger Melker Måbeck, delegationschef för Röda Korset i Sydsudan.
Han befinner sig själv i huvudstaden Juba där striderna var intensiva i förra veckan. Han berättar att det fortfarande ligger döda människor på gatorna där.
Hur många som dödats under de uppblossande striderna mellan trupper lojala med presidenten och rebeller som stöder den avsatte vicepresidenten Machar är ännu oklart. En FN-talesman uppskattade tidigare i veckan antalet döda till flera tusen.
Medling på gång
Minst 90 000 har flytt sina hem och hjälporganisationerna på plats kommer att behöva drygt en miljard kronor de kommande tre månaderna.
I huvudstaden Juba mötte presidenten sin kenyanske kollega Uhuru Kenyatta och den etiopiske premiärministern Hailemariam Desalegn som ska hjälpa till att medla för att förhindra att Sydsudan bryter samman i inbördeskrig.
Även Kina, som har betydande oljeintressen i Sydsudan, skickar ett sändebud till Afrika för att få till stånd samtal mellan Kiir och Machar.