Navalnyj har fått reserestriktioner och får inte lämna Moskva.
Ytterligare två personer kommer inom kort att åtalas i fallet, enligt Interfax.
Navalnyj åtalas för att ha organiserat storskalig förskingring inom det statsägda timmerbolaget KirovLes. Enligt brottsutredarna har 10 000 kubikmeter träprodukter förskingrats mellan maj och september 2009, vilket ska ha orsakat Kirov-regionen en förlust på 16 miljoner rubel, motsvarande runt 3,4 miljoner svenska kronor, enligt Interfax. Navalnyj var vid tidpunkten rådgivare till guvernören i regionen.
Fallet är tre år gammalt, och har redan tidigare utretts. Den lokala åklagarmyndigheten i Kirov kom då fram till att Navalnyj inte gjort sig skyldig till brott, och Kirov-guvernören Nikita Belyjch har avfärdat anklagelserna mot Navalnyj som inget annat än politiska påtryckningar.
Utredningen öppnades på nytt i år, efter att den högste utredaren vid det ryska åklagarämbetet Alexander Bastrykin personligen krävt det, för att undersöka om Navalnyj gjort sig skyldig till bedrägeri och försummelse vilket kan ge upp till fem år i fängelse.
Åtalet lyder nu under en strängare paragraf rörande förskingring, vilken kan ge Navalnyj upp till tio år i fängelse.
Navalny: Anklagelserna absurda
Aleksej Navalnyj kallar åtalet mot honom för absurt.
Enligt honom går anklagelserna helt på tvärs med de vittnesmål han själv och andra avlagt.
-Jag kan inte förstå hur de ska kunna bevisa det här. Men antagligen kommer de att göra det, säger Navalnyj till AFP.
Han utesluter inte möjligheten att han grips de närmaste dagarna eller veckorna.
-Det är möjligt. Om det är möjligt för dem att säga att jag stulit 16 miljoner (rubel), så är vad som helst möjligt.
Navalnyj är utbildad jurist, och en av de starkast lysande ryska protestledarna. Han var en av dem som gick i spetsen i den våg av protester som skakade Kreml i vintras inför presidentvalet.
Den regimkritiska proteströrelsen har drabbats av flera nya utmaningar sedan Putin inledde sin tredje mandatperiod som president i maj. Förutom flera lagändringar, som bland annat chockhöjt bötesbeloppen för organiserande eller deltagande i demonstrationer utan tillstånd, pågår just nu brottsutredningar mot flera ryska regimkritiker.
Efter att länge ha bloggat om korruptionen i Ryssland lanserade Navalnyj i februari 2011 antikorruptionssajten Rospil, som snabbt blev mycket uppmärksammad och förvandlade honom till något av en kultfigur.