Talespersonen Rami Abdel Rahman säger att al-Nusra och andra rebellgrupper intog Quneitra-övergången och att hårda strider med den syriska armén pågår i det omkringliggande området.
Minst 20 syriska soldater och fyra rebeller ska ha dödats i striderna, som även spillde över till den israeliska sidan och skadade en soldat. Den israeliska armén uppger att elden har besvarats.
Golan utgör en strategisk platå mellan Israel och Syrien, med viktiga vattenresurser. Den intogs av Israel under sexdagarskriget med de intilliggande arabstaterna 1967 och annekterades i praktiken 1981, vilket andra länder har aldrig erkänt.