Det är ett Oxford-baserat företag som nu låtit testa sin lilla manick för DNA-bestämning av bakterier och virus. Och den kunde faktiskt identifiera både tarmbakterier och olika typer av kokopps-virus genom att avläsa bitar ur deras gener, det som brukar kallas DNA-sekvensering. Idag finns flera teknologier för att identifiera sjukdomsalstrande mikrober med hjälp av DNA-sekvensering. Det unika med den här maskinen är att den är så liten.
Tanken är att man ska kunna ta den med sig ut i fält – dit där proverna behöver tas – och att man inte ska vara beroende av att ha tillgång till ett stort labb för att kunna identifiera vilka farliga mikroorganismer som är i omlopp.
Fungerar bara för redan kända mikrober
– Jag skulle gärna vilja prova den, säger Björn Andersson, professor i genomanalys vid Karolinska institutet i Stockholm.
Men eftersom han i sin forskning letar efter ännu okända sjukdomsalstrande mikrober skulle han helst vilja ha en version som kan bestämma DNA-sekvensen även på okända organismer. Den metod som nu utvecklats fungerar bara för redan kända bakterier och virus, eftersom den bygger på att man läser av vissa utvalda DNA-bitar som sedan jämförs med sådana som bestämts tidigare och finns lagrade i databaser.
Lyckas utvecklarna lösa några svårigheter kan en sådan här liten apparat få stor användning för att diagnostisera infektionssjukdomar, inte minst utbredda och farliga sjukdomar som HIV, malaria, tuberkulos, lunginflammation, hjärninflammation och dengue-feber.
– Den skulle till exempel kunna användas när man behöver knacka dörr för att söka upp människor som kan vara smittade eller när man vill undersöka insekter i fält, för att veta vilka som bär på ett visst virus, säger Björn Andersson.
I var mans ficka?
– I förlängningen kan man tänka sig att vi alla har en sådan här hemma och kollar på morgonen vilka bakterier vi har och hur vi mår, säger han.
Men det kommer förmodligen ännu dröja några år innan apparaten kan användas som det är tänkt.
– De har redan arbetat i flera år för att få upp kvalitén, säger Björn Andersson. Ett av problemen är att felavläsningen fortfarande är stor, cirka 30 procent, och det gör att man måste använda sig av ett mellansteg där valda delar ur provernas DNA-strängar mångfaldigas miljoner gånger.
Felen i avläsningarna är slumpmässiga, och när samma sekvens då läses om ett stort antal gånger, späds felen ut och man får ett resultat som är mer säkert. Men den här så kallade amplifieringen kräver fortfarande att provet som ska analyseras skickas till ett labb.
– Det är inget man kan göra ute i skogen, åtminstone inte än så länge, säger Björn Andersson.
Det fiffiga med manicken är annars att den kan läsa av mycket långa sekvenser genom att den tar en DNA-molekyl i taget. DNA-strängarna får passera genom nanoporer, precis stora nog att släppa igenom en enda sträng.
– Men de behöver få ner felfrekvensen ytterligare, innan den här manicken är redo att tas ut i fält, säger Björn Andersson.
Studien där apparaten testas publiceras i den biomedicinska tidskriften GigaScience.