Greipel har haft en medioker start på touren, men ryckte 200 meter från mål och med Kittel ur spel på grund av mekaniska problem den sista kilometern blev det ingen ordnad attack i klungan.
Norrmannen Alexander Kristoff var tvåa och fransmannen Samuel Dumoulin trea.
Italienaren Vincenzo Nibali behåller ledartröjan, två sekunder före danske stallkamraten Jakob Fuglsang. Slovakiske trean Peter Sagan är 44 sekunder efter.