Den tyska serien vänder efter vinteruppehållet och därav koras höstmästaren – när alla lag mött varandra en gång – först nu.
Janik Haberer gav hemmalaget ledningen via en kontring, men Bayern München tog sedan kontroll på matchen – och hade en polsk striker redo att frälsa laget.
I den 35:e minuten satte Lewandoski kvitteringen med en vänstervolley på hörna.
Lewandowski jagar Aubameyang
Bayern skapade flera klara chanser, men det dröjde till den första av de fyra tilläggsminuterna innan den där vänsterfoten skulle slå till igen.
Lewandowski bröstade ner bollen, höll bollen i luften med högerfoten – och placerade kallt in segermålet.
Målen innebär att Lewandowski, med 14 mål, skuggar Pierre-Emerick Aubameyang, 16 mål, i den tyska skytteligatoppen.
Samtidigt har Bayern München – med en match mer spelad – nu sex poäng ner till Emil Forsbergs RB Leipzig