Fotbollsklubben får också betala 107 000 euro i böter för förra veckans bortamatch mot Salzburg där fansen kastade in plastflaskor och cigarettändare när en motståndare gick ut för att slå en hörna.
Domaren avbröt matchen till situationen lugnat sig.
Beslutet innebär att Basel tvingas spela mot Valencia i Europa Leagues kvartsfinal utan publik, och dessutom ännu en match om något liknande händer igen inom de kommande två åren.