Den 57-årige paraguayanen greps i Zürich förra veckan, anklagad för att ha tagit emot mutor värda flera miljoner dollar.
Wilmar Valdez, chef för det uruguayanska fotbollsförbundet, kommer att tillfälligt ta över ordförandeskapet i Conmebol, men Sydamerikas fotbollsförbund har i ett pressmeddelande gått ut och sökt en ny permanent ordförande.