Ekdals nya klubb såg ut att gå mot andra raka trepoängaren efter premiärförlusten mot Bayern München, men det mesta gick snett sista kvarten.
Lewis Holtby gav gästerna ledningen i början av den andra halvleken, men Philipp Hosiner kunde kvittera med kvarten kvar sedan han lämnats oattackerad i straffområdet.
Segermålet kom på en omdiskuterad straff fem minuter senare. Gästernas back Emir Spahic hade visserligen kontakt med händerna i ryggen på anfallaren Anthony Modeste, men hemmaanfalleren såg snarare ut att snubbla på bollen.
Domaren Deniz Ayetkin dömde straff och visade ut Spahic, och kraftiga protester från Ekdal & Co hjälpte inte.
Modeste tog själv straffen och satte den säkert i mål.
Mästarna segrade igen
Bayern München fortsätter att vinna. I toppmötet hemma mot Bayer Leverkusen kom tredje raka trepoängaren i upptakten av ligaspelet. Tyska landslagsmannen Thomas Müller gjorde två mål i 3-0-segern, varav det ena kom på straff. Arjen Robben fastställde slutresultatet med knappa 20 minuter kvar att spela, också han gjorde mål från straffpunkten.
Nykomlingen Ingolstadt tog sin andra seger på tre matcher genom att besegra Augsburg på bortaplan med 1-0.