Redan efter 16 minuter i kvartsfinalen mot Italien tvingades Khedira linka ut från planen efter en skada i lårmuskeln.
– Sami Khedira kommer inte att spela. Vi ska göra allt vi kan för att få honom spelklar till en eventuell final, säger den tyske förbundskaptenen Joachim Löw.
Tyskland har också anfallaren Mario Gomez på skadelistan och dessutom är försvarsklippan Mats Hummels avstängd i matchen mot värdnationen.