Ramirez kommer att ersättas av 23-årige Carlos Carbonero som till vardags spelar i argentinska River Plate. Han har bara gjort en landskampen tidigare och var inte uttagen i truppen inför VM.
Ramirez innebär det andra tunga avbräcket för Colombia. Även storstjärnan Radamel Falcao har tvingats lämna återbud på grund av en allvarlig knäskada. Colombia möter Grekland den 14 juni.