Warholm trampade luft på sista meterna och fick maktlös se belgaren passera i sin väg mot guldet.
– Det blev för tufft på slutet. Jag gav det jag hade och med tanke på mina förberedelser är det ändå ganska bra. Jag följde min raceplan och silver är ändå ganska bra, säger Warholm.
Doom vann på det belgiska nationsrekordet 45,25 och Warholm fick nöja sig med måttliga 45,34 som besviken tvåa i sin debut i ett inomhus-VM.
Det var inte förrän för ett par dagar sedan som Warholm, som har 400 meter häck som specialgren, bestämde sig för att avbryta grundträningen och ställa upp i Glasgow.