Coe, som bland annat tagit två OS-guld på 1 500 meter, vann omröstningen mot den ukrainske stavhoppslegendaren Sergej Bubka med 115-92. Han valdes för en fyraårsperiod.
– Jag känner mig djupt hedrad att vår sport har satt sin tillit till mig. Det finns inget jobb jag skulle vilja ha mer, säger 58-årige Coe.
Coe, som adlades 2002, har efter den aktiva karriären gjort karriär som politiker i konservativa Tory-partiet. Han var även ansvarig för OS i London 2012. Coe har tidigare utlovat krafttag mot dopning.
Ordförandevalet ägde rum i Peking inför det stundande världsmästerskapet. Coe ersätter senegalesen Lamine Diack, som avgår efter 16 år som ordförande i IAAF.
Kajsa Bergqvist: ”Glad att Coe vann”
Att Sebastian Coe valdes till ordförande var rätt, tycker hon.
– Jag tror han kommer bli lysande president som kommer föra friidrotten framåt. Han kommer vilja förändra. Min egen roll känns också mer inspirerande med honom som ledare.