Den franska tidningen Le Monde skriver att Fredericks kan ha tagit emot mutor på cirka 2,5 miljoner kronor i samband med att Rio tilldelades sommar-OS 2016.
”Jag har beslutat att kiva åt sidan så att utredningens integritet inte ska hotas”, säger Fredericks i ett pressmeddelande.
Internationella olympiska kommittén (IOK) hävdar att Fredericks är oskyldig och att pengarna som betalats ut härrör från ett sponsoruppdrag.
Internationella friidrottsförbundets ordförande Sebastian Coe hade utsett den 49-årige namibiern att leda utredning om den systematiska dopningen inom rysk idrott.