– Jag tog en risk – man måste försöka – och det fungerade, sade Navardauskas som blev den förste cyklisten från Litauen att vinna en tour-etapp.
Rycket kom i den tuffaste backen med ungefär 15 kilometer till målgången i Bergerac. Navardauskas vann sju sekunder före tysken John Degenkolb. Norrmannen Alexander Kristoff blev trea.
Under de sista kilometerna var flera cyklister inblandade i en krasch. De får samma tid i mål eftersom kraschen inträffade tre kilometer från målgången.
Italienaren Vincenzo Nibali behåller ledartröjan och leder med sju minuter ned till tvåan Thibaut Pinot inför helgens avslutande två etappet.