Den 18-faldige OS-guldmedaljören, mest i OS-historien, har också beordrats att genomgå en behandling för sitt alkoholmissbruk.
Phelps kom sammanbiten i kostym till domstolen i Baltimore och vägrade säga någonting till pressuppbådet innan han gick in. Han siktar på att göra comeback i april nästa år.
Efter sommar-OS i London 2012, där Phelps vann fyra medaljer i ädlaste valör, bestämde han sig för att sluta. Men i år bestämde sig 29-åringen för att göra comeback med sikte på OS i Rio de Janeiro 2016.