– Jag är extremt besviken över att jag inte kan representera Schweiz i OS och kommer att missa resten av säsongen, skriver världstrean på Facebook.
Federer behöver mer rehab av det knä han opererade i början av året om han ska kunna fortsätta på ATP-touren i flera år, vilket är planen.
– Jag måste ta hand om knä och kropp även om det är tufft att behöva vila.
Skadan uppstod efter Australian Open i februari när han skulle bada sina barn och halkade till i badrummet och vred till knät, vilket var tvunget att opereras. Den skadan har plågat honom hela den här säsongen.
Federer vann OS-guld i dubbel i Peking 2008 och tog singelsilver i London 2012.