Misshandeln ska ha inträffat i en bostad, där mannen var på besök hos sin dotter, i Bjuvs kommun i oktober förra året.
Enligt åtalet knuffade pappan ner dottern i en säng, där han sedan tryckte ner henne och fattade ett stryptag om flickans hals.
Våldet orsakade henne både andningsvårigheter och smärtor, enligt åklagaren Linda Seger.
Polisen larmades till bostaden efter att mamman hittat dottern gråtande. Det är polisens uppgifter, liksom förhör med närstående, som kommer att användas som bevisning mot mannen.
Den misstänkte förnekar brott.