De sträckor som påverkades var Stockholm–Linköping/Malmö, Sala–Linköping och Norrköping–Mjölby (Östgötapendeln).
Spårfelet beräknades vara åtgärdat runt klockan 02.00 natten till tisdag, uppgav Trafikverket.
– De måste byta en del av en växel och väntar på leverans av den delen, säger Anna-Lena Bergström på Trafikverkets pressjour.