Grönfläckig padda
En sällsynt padda som återfinns på ett fåtal platser i Danmark och längst Skånes västkust. Upptäcktes på ön 2005. En större ansamling paddor tros finnas vid kalkbrottet i Limhamn.
Klådris
Förekommer normalt i norra Sverige och södra Norge och syntes för första gången på ön runt 2001-2002. En förklaring till att Klådriset etablerat sig på ön kan vara att fyllnadsmassor till ön tros ha kommit från Norge.
Luffarspindeln
Den giftiga luffarspindeln anträffades för första gången på Pepparholm 2004 och har sedan dess spridit sig till både fastlandet i Danmark och Sverige. Spindeln kan ha kommit till ön med vinden.
Ängsnyckel
2004 upptäcktes den första orkidén på Pepparholm. Nu frodas den på ön. Orkidén är fridlyst och kan bli över en halv meter hög.
Vita kaniner
2015 hittades flera vita kaniner på Pepparholm som troligtvis släppts ut från en bil. Men kaninerna var inte de första däggdjuren på Pepperholm. Fem år tidigare hittades en hare på ön.