Flickan, som var vid medvetande när hon togs in till strandkanten, fördes med ambulans till universitetssjukhuset i Linköping. Där opererades hon akut och enligt region Östergötland har hon allvarliga skador.
I nuläget rubricerar polisen händelsen som vårdslöshet i båttrafik och vållande till kroppskada.
– Det är fortfarande mycket som är oklart i vad som faktiskt hänt och hur det har gått till, säger Evelina Olsson på polisens presstjänst.
Flera unga personer inblandade
Polisen meddelade under onsdagskvällen att ett flertal unga personer varit inblandade i olyckan, men att bara en behövt föras med ambulans till sjukhus.
Även att en båt varit inblandad i olyckan, utöver vattenskotern. De är båda tagna i beslag av polisen, som i nuläget utreder hur olyckan gått till.
I nuläget vill polisen inte lämna någon information kring om någon eller några personer är misstänkta för brott.
– Vi kommer att prata med parterna som varit inblandade och utreda vidare vad som hänt, säger Anders Olsson, jourhavande förundersökningsledare vid polisen i Kalmar län.
Flickan är inte hemmahörande i Småland. Hon vårdas på universitetssjukhuset i Linköping.