Felet på tåget uppstod vid 17-tiden på fredagen. Ett nytt tåg skickades från Södertälje och ankomst i Malmö beräknades bli ungefär tre timmar senare än planerat.
Övrig tågtrafik mellan Stockholm Central och Katrineholm, Göteborg, Malmö och Karlstad, i båda riktningarna, påverkades av förseningar eftersom endast ett spår kunde användas tills det trasiga tåget hade flyttats. Det beräknades vara klart innan klockan 22.
En resenär som SVT pratat med skulle ha tagit tåget från Stockholm till Katrineholm klockan 17.22.
– Avgångstiden flyttas fram gång på gång. Alla inklusive tågpersonalen är förvirrade och väntar på att komma iväg, säger Håkan Hjelm.
Strax efter klockan 21 lämnade hans tåg perrongen.
SJ bekräftar att det finns tåg som har haft mer än tre timmars förseningar men att det funnits andra tåg som resenärerna har kunnat ta istället.
– Trafiken har inte varit helt inställd. Vi har haft personal och kundvärdar på plats under kvällen som informerat, säger Anders Edgren på SJ:s pressjour.