Ett omfattande signalfel mellan Gnesta och Flen uppkom strax efter halv åtta under tisdagsmorgonen.
Under några timmar kunde tågen endast rulla på ett av spåren vilket orsakade förseningarna.
Vid elva-tiden var problemet åtgärdat, men då med följdförseningar på trafiken.
Sträckorna som påverkas är Stockholm C till Köpenhamn och Stockholm C till Oslo.
Katrineholm, Kimstad, Linghem, Norrköping, Linköping, Aneby, Boxholm, Mantorp, Mjölby, Tranås, Vikingstad, Nässjö, Göteborg, Alingsås, Aspen, Aspedalen, Falköping, Floby, Floda, Herrljunga, Jonsered, Lerum, Norsesund, Partille, Stenkullen, Stenstorp, Västra Bodarne, Vårgårda, Skövde, Hallsberg, Gårdsjö, Laxå, Töreboda, Vingåker, Stockholm, Flemingsberg, Flen, Gnesta, Huddinge, Järna, Mölnbo, Stockholms södra, Södertälje S, Årstaberg, Älvsjö
SVT:s nyheter ska stå för saklighet och opartiskhet. Det vi publicerar ska vara sant och relevant. Vid akuta nyhetslägen kan det vara svårt att få alla fakta bekräftade, då ska vi berätta vad vi vet – och inte vet. Läs mer om hur vi arbetar.