Han upptäcktes när polisen sökte igenom båtar längs kajen vid lunchtid på lördagen.
Polisen var på jakt efter en man som hade stulit i en butik. Enligt uppgifter ska han ha hoppat ombord på en båt.
Oklart om det var samme man
Räddningstjänsten kunde plocka upp mannen ur vattnet och han fördes till sjukhus. Senare under dagen meddelade polisen att mannen avlidit.
– Vi vet inte om det är samma man som vi letade efter, säger polisens presstalesperson Carina Skagerlind.
Anmälan till särskilda utredningar
Den döde mannen är inte identifierad.
Eftersom dödsfallet inträffade i samband med ett polisingripande har en anmälan gjorts till avdelningen för särskilda utredningar.