Pengarna kommer från Naturvårdsverket och ska bland annat användas till att skapa nya våtmarker.
En del av pengarna ska också gå till så kallade gröna jobb, en nysatsning som till stor del finansieras av regeringen.
– Men det mesta av de 16 miljonerna som vi får ska användas till skötsel av våra omkring 165 naturreservat, säger Lennart Nordvarg, chef för länsstyrelsens miljöavdelning.
Satsningarna på våtmarker är ett sätt att stärka grundvattennivåerna och i framtiden undvika problemen med låga nivåer och vattenbrist.
De gröna jobben rör sig om ungefär 50 tjänster för Uppsala läns del och ska gå till personer som står långt ifrån arbetsmarknaden av olika skäl.