Olyckshändelsen inträffade vid 15:30 och påverkade SL:s pendeltåg, fjärrtågen och även tågtrafiken via Arlanda.
Enligt Joanna Lundberg, presskommunikatör på Trafikverket, arbetar räddningstjänst och polis på platsen.
– Vid en sån här olycka måste man undersöka vad som hänt och då stoppar vi trafiken, säger hon.
Strax före 17-tiden var olyckan utredd och tågtrafiken kunde släppas på igen. Det råder dock vissa förseningar i tågtrafiken förbi Märsta efter ett elfel. Ett spår är öppet och Trafikverkets prognos är att allt ska vara åtgärdat till klockan 19.