Felet rapporterades in vid 13.45-tiden på tisdagen. Det ska röra sig om en hjulskada.
Strax efter 15 rullade det nya tåget med de evakuerade resenärerna söderut mot Stockholm. Efter det rullade tågen via enkelspår förbi det trasiga tåget.
– Förmodligen uppstår följdförseningar och justeringar i tidtabellen, säger Beisi Sundin, vid Trafikverkets pressjour.
Senare under eftermiddagen kunde det trasiga tåget köras från spåret strax innan Knivsta och därmed ska nu full framkomlighet återigen finnas.
– Tåget rullades direkt till vagnhallen och ska nu felsökas, säger Ronny Hörstrand, SJ pressjour.