Fiskarna upptäckte den döde i båtfarleden i Västra kanalen intill mellan södra Mellanholmen och Gådeåparken.
Ambulans, räddningstjänst och polis kallades till platsen. Räddningstjänsten sjösatte en båt för att sedan bärga personen intill Hospitalgatan.
– Vi kan bekräfta att man hittat en avliden mansperson i vattnet, säger Maria Linné, kommunikatör vid polisen.
Polisen arbetar nu med att identifiera mannen.