Anledningen är att huvudmännen, sex kommuner och ett skolföretag, samtidigt som de tagit emot bidrag har sparat i sina egna skolkostnader.
– De egna kostnaderna per elev får inte minska om man tagit del av bidraget för likvärdig skola, säger Skolverkets enhetschef Andreas Spång.
Enligt Skolverket är de särskilda skäl som vissa av huvudmännen hänvisat till inte giltiga i detta fall.