Han lämnar företaget efter interna meningsskiljaktigheter om hur företaget bör hantera sin roll i spridningen av desinformation.
Enligt källor till nyhetsbyrån Reuters lämnar han i augusti, men har redan fått en förändrad roll på företaget vad gäller att hantera statsfinansierad desinformation, något Alex Stamos själv bekräftar via Twitter.
Avslöjandet följer i kölvattnet av uppgifter om rysk aktivitet på det sociala nätverket och anklagelserna om att företaget Cambridge Analytica ska ha samlat in personlig information om 50 miljoner Facebook-användare och sålt tjänster till president Donald Trumps valkampanj. Alex Stamos har varit en stark förespråkare för utredning av aktivitet från ryskt håll på sajten, skriver New York Times, som menar att hans sorti kan ses som ett tecken på ökade spänningar i bolagets toppskikt.
Facebook har inte kommenterat uppgifterna.