Branden tros ha utlösts på grund av fyrverkerier vid en festival i området, enligt Times of India. En pjäs ska ha kommit på avvägar och tänt eld på ett stort parti fyrverkerier som sedan startade branden
Enligt nyhetsbyrån AP har 102 personer dött. De flesta omkom när byggnaden kollapsade.
Stor explosion
Tusentals människor befann sig i templet och på området runt omkring för att se fyrverkerierna som började vid midnatt och fortsatte i flera timmar, uppger AFP.
Den enorma branden startade vid 03.30-tiden lokal tid, enligt Times of India. En fyrverkeripjäs ska ha kommit på avvägar och tänt eld på ett stort parti smällare i ett förråd, vilket sedan startade branden.
Polisen hade enligt Indian Express tidigare varnat för användningen av fyrverkerier.
Regionministern i Kerala, Ramesh Chennithala har beslutat om en utredning kring fyrverkeribranden.
Inget tillstånd fanns
– Templet har ett årligt fyrverkeri, just nu jobbar vi för att försöka rädda de som är kvar i templet, säger Chennithala till BBC.
Lokala myndigheter säger att polisen inte hade gett tillstånd till något fyrverkeri vid templet.
Brännskadade människor har tagits till flera olika sjukhus i regionen.
Puttingal-templet ligger i Kollam, ungefär sju mil från Keralas huvudstad Thiruvananthapuram. Indiens premiärminister Narendra Modi är på väg till platsen.
– Branden på templet i Kollam är hjärtskärande och obeskrivligt chockerande. Mina tankar går till anhöriga till de avlidna och mina böner till de skadade, skriver han på twitter.