Frédéric Penard, chef för SOS Méditerranée, som chartrat båten, beskriver beslutet som extremt svårt, skriver nyhetsbyrån AFP.
Aquarius har legat i hamn i Marseille i Frankrike i drygt två månader sedan det Panamaflaggade fartyget avregistrerades av Panama.
”Detta är en mörk dag. Inte bara för att Europa har misslyckats med att tillhandahålla sök- och räddningsinsatser på Medelhavet. Man har även aktivt förstört andras försök att rädda liv”, säger Nelke Manders, generalsekreterare på Läkare utan gränser i Amsterdam, som ansvarat för Aquarius.
Gibraltar har tidigare dragit in sin flaggning av fartyget och Italien och Malta har vägrat låta Aquarius gå in i sina hamnar.