Trump utfärdade ordern den 9 november och motiverade sitt beslut med att systemet för att ta emot migranter är överbelastat.
Beslutet av domaren Jon Tigar i San Fransisco, Kalifornien, som stoppar presidentens order gäller till åtminstone den 19 december.
”USA:s lag tillåter specifikt enskilda att söka asyl, även om de inte befinner sig vid en gräns. Det är olagligt att kringgå detta genom ett presidentdekret”, har medborgarrättsorganisationen American Civil Liberties Union tidigare kommenterat presidentens order.