Skolan är en madrassa, en islamisk skola, i den lilla staden Aybak, även känd som Samangan.
Det rör sig om ett bombdåd och minst tio elever har dödats, enligt Abdul Nafi Takor, talesperson för Afghanistans talibanstyrda inrikesdepartement.
Aybak är en historisk stad som på 400- och 500-talet var ett handelscenter och dessutom ett center för buddhism. I dag har staden omkring 10 000 invånare och är centralort i provinsen Samangan, längs med en större väg som går mellan huvudstaden Kabul och Mazar-e-Sharif längre norrut.
Utredning har påbörjats
Talibanernas säkerhetsstyrkor utreder attacken och har lovat att ”identifiera förövarna och straffa dem för deras handlingar”, säger inrikesministeriets talesman Abdul Nafee Takkur, enligt BBC.
Ingen har hittills tagit på sig ansvaret för attacken.
Sedan talibanerna tog makten i augusti förra året, har landet drabbats av flera terrorattacker. Majoriteten av dessa attacker utfördes av en lokal gren av terrorgruppen Islamiska staten (IS).