Kenyanska Röda Korset har evakuerat minst sex skottskadade studenter med flyg till ett sjukhus i staden Eldoret.
Lokichogio ligger nära gränsen till Sydsudan. 17-åringen var från Sydsudan, en av många tiotusentals människor som flytt inbördeskriget i landet, och han var beväpnad med en automatkarbin av typen kalasjnikov.
Pojken greps först av polis men en människomassa lynchade honom sedan.
Området Turkana, där Lokichogio ligger, är ofta också skådeplats för våldsamma strider som inte sällan handlar om kontroll över naturresurser.